В начале 1940-х годов Бобруйск был важным военным центром, поэтому гитлеровцы прилагали максимум усилий для его захвата. Первыми о приближении войны узнали зенитчики. Около трех часов ночи 22 июня вражеские самолеты начали бомбить аэродром, танкодром, станцию, подъездные пути к железной дороге и автомобильным мостам через Березину.

На защиту города встали буквально все: от танкистов и летчиков до курсантов училища. Ночью 28 июня войска 3-й танковой дивизии противника вошли в город, но продвинуться на восток не смогли: накануне вечером наши солдаты взорвали мосты под Бобруйском, и Березина стала серьезным препятствием для гитлеровцев. В течение нескольких дней велись бои на левом берегу реки. Но остановить наступление 3-й танковой немецкой дивизии не удалось. Утром 30 июня гитлеровцы, наведя понтонный мост, начали переправу войск и техники.

В захваченном городе враг сразу взялся за создание концлагерей. Первым и самым крупным стал Дулаг-131, разместившийся на территории Бобруйской крепости. Если в начале июля 1941-го в нем содержалось 6,7 тыс. военнопленных, то к концу августа их было уже 18 тыс. Именно в этом лагере накануне 7 ноября фашисты устроили поджог, в результате которого тысячи узников сгорели заживо, а еще 1,7 тыс. человек были расстреляны при попытке к бегству.

В августе 1941 года в районе фабрики «Красный пищевик» было создано гетто, в которое переселили всех евреев города. Но расстрелы еврейского населения начались еще в июле. К осени они приобрели поистине ужасающий характер. Общее число уничтоженных евреев Бобруйска составляет более 20 тыс. человек.

В Бобруйске действовало 17 подпольных групп. Подпольщики вывели из города и окружающих населенных пунктов в партизанские отряды около 4 тыс. человек. Более 300 участников и сами присоединились к народным мстителям. Несмотря на массовые аресты и террор, подпольное движение в Бобруйске действовало до самого освобождения города. Одну из первых подпольных групп в Бобруйске организовали Павел Масленок и Валентин Буторев. Она действовала на фанерно-деревообрабатывающем комбинате с августа 1941 года до апреля 1942-го и объединяла более 20 человек. Подпольщики записывали сводки Совинформбюро и другие важные сообщения из Москвы, размножали их и распространяли среди населения, проводили диверсии на комбинате, хлебозаводе, электростанции.

Выдающийся хирург Глеб Санакоев служил в госпитале для военнопленных. Он делал все, чтобы после выздоровления солдаты не попадали в лагерь, а уходили в лес к партизанам. Санакоев также доставал дефицитные медикаменты и перевязочный материал в немецком военном госпитале и передавал партизанам. К сожалению, в годы войны он погиб. Но его близкие узнали о судьбе родственника только в 1974 году. В Бобруйск приезжал и один из братьев медика-героя.

В лесах Бобруйщины дислоцировались 1-я Бобруйская партизанская бригада, 37-я партизанская бригада имени А.Я. Пархоменко, 9-я Кировская партизанская бригада и другие соединения.